病毒感染机体一方面取决于病毒的毒力，一定的数量和合适的侵入门户；另一方面取决于机体的免疫力。因此，病毒与机体免疫相互作用决定了病毒感染机体的病理生理改变，主要有五种：
（1）如果感染后不出现临床症状，称为亚临床感染或隐性感染。许多病毒性疾病流行时为此型感染，机体可以因此而获得特异性免疫，也就是感染后没有发病却获得了针对这种病毒感染的抵抗力。例如脊髓灰质炎流行时，隐性感染约占99%，但是隐性感染的人仍能向周围环境散布病毒，而传染他人。
（2）急性感染：见于临床上的绝大多数病毒感染，如麻疹、乙型脑炎、流感、脊髓灰质炎、水痘等。病毒侵入机体后，在一种组织或多种组织中增殖，并在局部扩散或者经血流扩散到全身。经2～3天以至2～3周的潜伏期（从感染病毒到出现临床症状之间的时间）后，病毒繁殖到一定水平，产生局部或广泛的组织损伤，引起临床症状。从潜伏期开始，宿主就（病毒所寄生的机体）动员了非特异性和特异性的免疫力来清除病毒，除非是致死性的疾病，宿主一般能在症状出现后1～3周内消除体内的病毒。
（3）潜伏感染：某些DNA病毒（即病毒的核酸为DNA）的全部或部分DNA以及逆转录病毒合成的cDNA插入宿主细胞基因中，形成前病毒，导致细胞遗传性状的改变，称为整合感染。整合的宿主细胞不复制期间为潜伏感染，此期无症状，查不到完整病毒；当机体免疫功能低下时病毒基因活化并复制完整病毒，发生一次或多次复发感染，甚至诱发恶性肿瘤。EB病毒、乳头瘤状病毒、乙肝病毒均可造成这一类型的感染。
（4）慢性感染：感染性病毒处于持续的增殖状态，机体长期排毒，病程长，症状长期迁延，往往可检测出不正常的或不完全的免疫应答。如乙型肝炎病毒感染后10%的患者血持续存在乙肝表面抗原，血清中可检出免疫复合物，而细胞免疫功能低下者，发展成慢性活动性乙型肝炎。这是由于病毒隐藏在无血管的上皮细胞内，逃避了免疫监视，该病毒基因也可整合到宿主细胞DNA中。
（5）慢发性感染：潜伏期很长，通常在数月或数年，而后出现慢性进行性病变，直至病死。比如艾滋病。